Les déjections animales et les engrais
L’épandage des déjections animales et la fertilisation excessive grâce aux engrais naturels ou de synthèse, peut perturber les cycles biogéochimiques, en particulier celui de l'azote et du phosphore et conduire à une surcharge de l'eau en nitrates et en phosphates, ainsi qu'à une pollution de l'atmosphère par l'ammoniac et le protoxyde d’azote (N2O).
Les antiparasitaires et antibiotiques éliminés dans les effluents d'élevage présentent un risque pour la microflore et microfaune du sol.
Les déjections porcines sont riches en cuivre et en zinc car ces métaux sont des facteurs de croissance. L'excès de cuivre est phytotoxique et son accumulation peut entrainer à long terme la stérilisation des sols.
Les boues issues des stations d’épuration des eaux usées peuvent contenir de nombreuses autres impuretés métalliques ou organiques.
Les engrais naturels peuvent apporter des métaux toxiques (ex : engrais phosphatés riches en Cd).